משה נחרד מן המרד, שכן מהותו של מרד זה לא הייתה נגד הנהגתם של משה ואהרון בלבד, אלא נגד הנהגתו של א-לוקים. הלוא פעם אחר פעם ראה עם ישראל כי כל מעשיו של משה היו על פי ציוויו של א-לוקים, וכי הוא נבחר בבחירה א-לוקית להנהיג את עם ישראל. יתרה מכך, משה מזדעק כנגד המורדים כי הנהגה זו לא נשאה עימה שום פריבילגיה המיוחדת למנהיגים, שכן הוא אפילו לא ביקש מן העם חמור לרכב עליו. להיפך. משה, מכוח היותו מנהיג, נשא את עול הנהגת העם פעם אחר פעם, תוך דאגה לצרכיהם ותיווך טענותיהם אל א-לוקים.
משה מבקש לפתור את המחלוקת בדרך א-לוקית: הוא מזמין את המורדים להגיע למחרת היום למשכן ולהקטיר קטורת לפני ה', יחד עם אהרן. מי שתתקבל הקטורת שלו לפני א-לוקים – הוכח כי בו חפץ א-לוקים להיות לו לכוהן. עדת המורדים, למרות שידעו את חומרת הקטרת קטורת שאינה רצוייה במשכן, מתייצבים במשכן להקטיר קטורת. המרד מסתיים באופן טראגי ביותר: מקטירי הקטורת נשרפו באש והאדמה נבקעה מתחת אוהליהם של קורח ומנהיגי המרד האחרים, ובלעה אותם אל תוכה.
בפרשה אנו יכולים לקרוא מקצת מטענותיהם של קורח ואנשיו:
וייקהלו על משה ועל אהרון, ויאמרו אליהם: 'רב לכם! כי כל העדה כולם קדושים, ובתוכם ה', ומדוע תתנשאו על קהל ה'?!
(במדבר טז, ג)
קורח ואנשיו קוראים תיגר על ההיררכיה המנהיגותית והדתית, בטענה שכל העם קדושים, וא-לוקים שוכן בתוכם, ולפיכך אין מקום לריכוז השילטון בידי אדם אחד, ואין מקום להגבלת עבודת המשכן למשפחה אחת, אלא עם ישראל יכולים לשמש ככוהנים.
במדרש, מגלים לנו חכמי ישראל טיעון נוסף אותם העלו קורח ואנשיו. טיעון זה נרמז בסמיכות של מאורע המרד של קורח אל המצווה החותמת את הפרשה הקודמת – פרשת שלח – מצוות הציצית והתכלת:
מה כתוב קודם מעשה זה? "ועשו להם ציצית"; קפץ קורח ואמר למשה: טלית שכולה תכלת, האם היא פטורה מן הציצית? אמר לו: חייבת בציצית! אמר קורח למשה: טלית שכולה תכלת אין פוטרת את עצמה, ארבעה חוטים יפטרו אותה?! שוב שאל קורח את משה: בית מלא ספרי תורה, האם פטור מן המזוזה? אמר לו: חייב במזוזה! אמר לו קורח: כל התורה כולה אינה פוטרת את הבית, פרשה אחת ממנה שבמזוזה פוטרת את הבית?! אמר לו קורח למשה: דברים אלו לא צווית עליהם, ומליבך אתה בודה אותם.
(במדבר רבה יח, ג)
בפרשת שלח, אנו מצווים לקשור חוטים בזוויות הבגדים, חלקם חוטי תכלת. על פי חכמי המדרש, קורח מתווכח עם משה בנוגע לבגד שכולו צבוע תכלת: לדעתו של קורח יש לפטור אותו ממצוות התכלת, שכן כל כולו תכלת, ואילו לדעתו של משה עדיין יש לקשור עליו את חוטי התכלת. וויכוח דומה ניטש בנוגע למצוות מזוזה. ישנה מצווה לכתוב שתי פרשיות מן התורה ולהצמיד אותן למשקוף הדלת. קורח טען כי במידה וישנו בית המלא בספרי תורה, אין טעם עוד להצמיד 'מזוזה' למשקוף הדלת, ואילו לדעתו של משה בבית שכזה עדיין אנו מצווים לשים 'מזוזה'.
כדאי להעמיק את ההבנה בוויכוח זה שבין משה לקורח: מהי טענתו העקרונית של קורח, ומדוע חכמי ישראל רואים אותה כעומדת בבסיסו מרדו של קורח במנהיגותו של משה ובכהונתו של אהרון?
דומה כי טיעונו זה של קורח, מקביל לטיעון המוזכר בתורה "כי כל העדה כולם קדושים". לדעתו של קורח, על השגב הא-לוקי למלאות את כל המרחב הארצי ולשלוט בו, ולפיכך אין מקום לתחם את הקדושה לאנשים מסוימים או למקום מסוים. לדידו של קורח, בגד שכולו צבוע בתכלת – המסמלת את השמיימי, מבטא הרבה יותר טוב את הא-לוקות בעולם מאשר חוטים ספורים הקשורים בפינותיו; ובית מלא בספרי תורה, אינו נזקק ל'מזוזה' אחת קטנה שתיקבע בפתחו.
אולם הרצון הא-לוקי שונה הוא לחלוטין. א-לוקים מעוניין שהעולם יהיה ממלכתם של בני האדם, כפי שאנו משוררים בשירת ה'הלל': השמיים – שמיים לה', והארץ – נתן לבני אדם" (תהילים קטו, טז). אולם גם בתוך ממלכת בני-האדם, מבקש א-לוקים שיהיו אנשים מיוחדים שתפקידם לעבוד את א-לוקים ולבטא את נוכחותו: הכוהנים בעולם העתיק, וגם כיום חכמי הדת; וכן נגיעות אצל כל אדם של נוכחות א-לוקית: בפתחי הבתים, בזוויות הבגדים, במשכן, בבתי הכנסת, כמו גם בהתנהלות מוסרית בין אדם לחברו.