מיד לאחר מלחמת ששת הימים התחיל משרד הדתות את מבצע חשיפת הכותל המערבי מבצע חפירה מסובך בו נחפר הכותל מתחת לשכונות המגורים שנבנתה בצמוד לו. 20 שנה נחפרה המנהרה בקשיים גדולים תוך חשיפה של ממצאים ארכיאולוגיים שרק המילה "מדהימים" יאה להם. על הקרן למורשת הכותל הוטל להמשיך במבצע ולהוציאו לאור העולם.
בשיקול דעת וזהירות תוך התחשבות במכלול היבטים ושיקולים דתיים, תיירותיים, ארכיאולוגיים, ביטחוניים ועוד, ובפיקוח הלכתי ומדעי המשיכה הקרן במלאכת החשיפה, סנטימטר אחר סנטימטר, כדי לגלות את ירושלים בימי תפארתה. נחשפו שכיות חמדה – ממצאים ארכיאולוגיים חשובים ביותר להבנת ההיסטוריה של העיר. ונוצרה "מנהרת זמן" תרתי משמע אל ימי הפאר של ירושלים.
פתיחת המנהרות לקהל הרחב הצריכה התמודדות עם פתרונות הנדסיים ובטיחותיים מורכבים חלקם ייחודיים: טיפול בשפכים, הכשרת מסלולי הליכה, תעבורת נכים, מיזוג, שילוט, תאורה, יצירת עזרי הדרכה, הכשרת מדריכים, מערכת הזמנות ותחזוקה שוטפת.
היום פועל האתר "מנהרות הכותל" כמרכז תיירות משוכלל, ועוברים בו מאות אנשים מידי יום, ובסך הכול מאז פתיחתו עברו בו למעלה מארבעה מיליון מבקרים. ולמעשה מדובר באתר התיירות המדהים ביותר בירושלים, אולי בישראל כולה.
במקביל להסדרת הביקור במנהרות הכותל, המשיכה הקרן גם בפיתוח רחבת הכותל המערבי.
ריצוף הרחבה והרחבת אזור התפילה, מערך שירותים, הסדרת כיכר לתחבורה הציבורית והכשרת חנייה, שילוט ותאורה, שיפור מערך הביטחון, גדרות ביטחון, בניית ביתני שמירה, הקמת פתחי מילוט מהרחבה, מערכת תקשורת ועוד. כל זאת בתאום עם המשרדים השונים הנוגעים בדבר: משרד התיירות, המשרד לביטחון פנים, משרד התחבורה, עירית ירושלים ועוד. בנוסף לאמור לעיל בהיבט החינוכי מקיימת הקרן טקסי וסיורי בר/ בת מצווה למגזרים שונים, מעודדת ביקורי חיילים, תיירים, תלמידים, משפחות ועוד. הקרן העמידה לרשות המבקרים את מדריכיה. לאחרונה עסוקה הקרן בבניית בית מורשת הקרן מרכז מבקרים, מרכז חינוכי ומרכז מידע וכל אלו יהוו יחד מעין קרית חינוך שתטמיע במבקרים את מורשת הכותל המערבי.
